HATODAS

2017/10/11

Web Site: http://hatodas.harima.riken.jp/, http://metadb.riken.jp/metadb/db/SciNetS_rib108i
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/hatodas/

タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 重原子レコード
  3. モチーフ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「HATODAS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 重原子レコード

データ名 重原子レコード
データ内容の説明

重原子導入事例のリスト。 なおダウンロードファイルでは、各項目は７列（理研サイネスでのクラスID、クラス名、インスタンスID、 インスタンス名、URI、インスタンスのライセンス、インスタンスのアトリビューション）で表現されている。
データファイル hatodas.zip (62.2 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
RIKEN Heavy Atom Record 理研重原子レコード（重原子導入事例）基本ID
Version 重原子レコードのバージョン
Site 重原子結合サイト（重原子が結合したアミノ酸残基種）
Protein タンパク質（重原子が導入されたタンパク質）
PDB ID タンパク質のPDB ID
PDB Reference URL タンパク質情報の説明ページ(PDB)のURL
UniProt ID タンパク質のUniProt ID
Atom 重原子（導入された重原子）
Heavy atom compound 重原子化合物（重原子の導入に使われた化合物）
Heavy atom compound ontology 重原子化合物のオントロジー
Insert method 重原子化実験方法（重原子を導入した方法）
Heavy atom concentration 導入時の重原子の濃度(mM)
Precipitant 沈殿剤（結晶化に用いられた沈殿剤）
Precipitant ontology 沈殿剤のオントロジー
Buffer solution 緩衝液（結晶化に用いられた緩衝液）
Buffer solution ontology 緩衝液のオントロジー
Buffer concentration 結晶化に用いられた緩衝液の濃度(mM)
Buffer pH 結晶化に用いられた緩衝液のpH
Soaking time 重原子導入時間 (hour)
Back-soaking time バックソーキング時間 (hour)
Reference 文献（雑誌名・巻・頁・年）
Reference URL 文献のURL
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2.3 モチーフ

データ名 モチーフ
データ内容の説明 重原子とその重原子が頻繁に結合するアミノ酸配列モチーフの対のリスト。それぞれの対に対して、その根拠となった事例と実際の配列を示すために、 オリジナルHATODAS内へのリンクの情報が付随している。 ※なおダウンロードファイルでは、「atom」、「motif」は７列（理研サイネスでのクラスID、クラス名、インスタンスID、インスタンス名、 URI、インスタンスのライセンス、インスタンスのアトリビューション）で表現されている
データファイル hatodas_motif.zip (788 bytes)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Atom 重原子（導入された重原子）
Atom name 重原子の名称
Motif モチーフ（重原子が頻繁に導入されたアミノ酸配列のパターン）
Examples in HATODAS オリジナルHATODAS内のこのモチーフと重原子のペア
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/10/11

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”HATODAS © 国島 直樹 (理化学研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒679-5148　兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1
Tel: 0791-58-0808（代表） / Fax: 0791-58-0800
国島 直樹
E-mail: kunishima[at]spring8[dot]or[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2017/10/11 アーカイブ V2 をリリース
「重原子レコード」 および 「モチーフ」のデータを更新。
2010/03/08 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/07/23 理研サイネスでダウンロードデータを公開開始
2009/03/31 理研サイネスでデータを公開開始
2005 HATODAS(http://hatodas.harima.riken.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

Sugahara M, Asada Y, Ayama H, Ukawa H, Taka H, Kunishima N.
Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions.
Acta Crystallographica Section D/2005:09/9
PMID: 16131765

M. Sugahara, Y. Asada, H. Shimada, H. Taka and N. Kunishima
HATODAS II - heavy-atom database system with potentiality scoring
Journal of Applied Crystallography/ (2009). 42, 540-544

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6. 連絡先

「HATODAS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒679-5148　兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1
理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター
Tel: 0791-58-0808（代表） / Fax: 0791-58-0800
E-mail: kunishima[at]spring8[dot]or[dot]jp

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