GRIPDB

2017/07/19

Web Site: （運用終了） http://grip.cbrc.jp/GDB/index.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/gripdb/

Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. GPCR相互作用情報
  3. 実験情報
  4. GPCR変異情報
  5. 予測情報
  6. GPCR配列情報
  7. GRIP Databaseオリジナルデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「GRIPDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 GPCR相互作用情報

データ名 GPCR相互作用情報
データ内容の説明

相互作用するGPCR（Gタンパク質共役受容体）のリストと、それらに関連する疾患などの情報
データファイル gripdb_main.zip (25.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
GRIP ID 相互作用情報のID
Main Title 相互作用の名称
GPCR Class GPCRクラス
GPCR Subfamily GPCRサブファミリー
GPCR Subtype GPCRサブタイプ
GPCR Name GPCR名
Partner Class 相手方GPCRのクラス
Partner Subfamily 相手方GPCRのサブファミリー
Partner Subtype 相手方GPCRのサブファミリー
Partner Name 相手方GPCRの名称
Evidence エビデンスの種類
ExperimentまたはPrediction
Annotations 相互作用のアノテーション
Articles 参照文献(PubMed ID)
Methods エビデンスのメソッド
Target GPCRのアミノ酸配列ID
Other Partners 「Partner Name」に記載された以外の相手方GPCRの名称
Disease 相互作用に関連する疾患情報
Interface GPCRのインタフェース
Mutation Information GPCRの変異情報へのリンク（簡易検索のみ）
Experiment Information 実験で得られたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ）
Predicted Information 予測されたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ）
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2.3 実験情報

データ名 実験情報
データ内容の説明

実験で得られたGPCR相互作用部位情報
データファイル gripdb_exp_info.zip (6.2 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 実験情報のID
GRIP ID1 相互作用情報のGRIP ID
GRIP ID2 GRIP ID1における番号
Template GRIP ID 1のインターフェイスの参照構造
Target GPCRのアミノ酸配列ID
Interface GRIP ID 1のインターフェイス
Template Start インタフェースの参照構造における残基開始位置
Template End インタフェースの参照構造における残基終了位置
Target Start インタフェースのGRIP ID1における残基開始位置
Target End インタフェースのGRIP ID1における残基終了位置
Annotation アノテーション
Article 参照文献(PubMed ID)
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2.4 GPCR変異情報

データ名 GPCR変異情報
データ内容の説明

GPCR配列の変異のうち、実験にてその存在が確認されており、かつ分子表面に露出している変異の情報
データファイル gripdb_mutation_info.zip (766 bytes)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 変異情報のID
GPCR GPCR名
Mutation Type 変異の種類
Template 参照構造
Target GPCRのアミノ酸配列ID
Template Start GPCR配列に対応する参照構造配列の残基開始位置
Template End GPCR配列に対応する参照構造配列の残基終了位置
Target Start 変異のGPCRにおける残基開始位置
Target End 変異のGPCRにおける残基終了位置
Variation 変異の内容
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2.5 予測情報

データ名 予測情報
データ内容の説明

予測されたGPCR相互作用部位情報
データファイル gripdb_predicted_info.zip (219 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 予測情報のID
GRIP ID 関連する相互作用のGRIP ID
Prediction No 予測番号（GRIP IDの中の連番）
Template GRIP IDのインターフェイスの参照構造
Target GPCRのアミノ酸配列ID
Template Pos インタフェースの参照構造における残基開始位置
Template Seq インタフェースの参照構造における残基終了位置
Target Pos インタフェースのGRIP IDにおける残基開始位置
Target Seq インタフェースのGRIP IDにおける残基終了位置
CONS(i) 保存度
Article 参照文献(PubMed ID)
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2.6 GPCR配列情報

データ名 GPCR配列情報
データ内容の説明

GPCRの配列情報
データファイル gripdb_seq.zip (258 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sequence ID 配列のID
Sequence 配列
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2.7 GRIP Databaseオリジナルデータ

データ名 GRIP Databaseオリジナルデータ
データ内容の説明

GRIP Databaseのオリジナルデータ
各テーブルとアミノ酸配列から構成される
データファイル gripdb_original_data.zip (779 KB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/07/19

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”GRIPDB © 根本 航 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
根本 航
E-mail: w[dot]nemoto[at]mail[dot]dendai[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/07/19 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/01/30 GRIPDB (http://grip.cbrc.jp/GDB/index.html)で公開開始
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5. 参考文献

Nemoto W, Fukui K, Toh H.
GRIPDB - G protein coupled Receptor Interaction Partners DataBase.
J Recept Signal Transduct Res. 2011 Jun;31(3):199-205.
PMID: 21410407

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6. 連絡先

「GRIPDB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

根本 航

E-mail : w[dot]nemoto[at]mail[dot]dendai[dot]ac[dot]jp

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