GlycoProtDB(作成中)

2015/01/21

WebSite: http://jcggdb.jp/rcmg/gpdb/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/glycoprotdb

質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。 由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質のアミノ酸配列上の糖鎖付加位置、 当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、 アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域の予測データ)、 および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. N結合型糖鎖の修飾位置
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 GlycoProtDBのダウンロードデータについて説明したHTMLファイルです。
ダウンロードファイル名 README-ja.html (日本語)
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2.2  N結合型糖鎖の修飾位置

IGOT法により糖鎖修飾位置を同定。タブ区切りテキスト形式。
項目名 項目の説明
GPID AISTの管理番号
TaxonomyID Taxonomy ID
Locus Gene name+Gene description(改変)
gi NCBI GI番号
position N-結合型糖鎖付加位置
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3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本 の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”GlycoProtDB, Copyright© 2009 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
〒305-8568 茨城県つくば市梅園1-1-1 中央第2事業所 OSL
独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
E-mail : jcggdb-ml[at]aist[dot]go[dot]jp


3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/01/21 連絡先のメールアドレス、オリジナルサイトのURLおよび統括サイトのURLを更新
2013/11/05 簡易検索サイトにおいて、GPIDのリンク先を修正
2009/05/22 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータの一部配布開始
2008/08/19 GlycoProtDB(http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/Glc_ResultSearch) で公開開始
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5. 参考文献

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6.連絡先

GlycoProtDBについてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒113-0032 305-8568 茨城県つくば市梅園1-1-1 中央第2事業所 OSL
独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
E-mail : jcggdb-ml[at]aist[dot]go[dot]jp
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