GETDB

2014/05/09

WebSite: http://kyotofly.kit.jp/stocks/GETDB/getdb.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/getdb

ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、 それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。 また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにした。 本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の発現情報データテーブル（Strain List）
  3. ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノムマッピングデータテーブル（Clone List）
  4. ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノム挿入位置のクラスタリングデータテーブル（Cluster List）
  5. ショウジョウバエGAL4エンハンサートラップ系統の発現画像データ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「GETDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の発現情報データテーブル（Strain List）

データ名 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の発現情報データテーブル（Strain List）
データ内容の説明 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の系統関連情報、 及びエンハンサー活性の発現に関するテキスト情報と発現画像データ。 4,250系統。
データファイル getdb.zip (331KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
系統情報
DGRC Number ○ DGRC（Drosophila Genetic Resource Center）の系統番号（TogoDBでは、DGRCへのリンク）
Genotype 遺伝子型
Insertion Site 物理地図上の挿入部位、複数ある場合は”；”で区切る（http://www.dgrc.kit.jp/~jdd/chromosome/index.html参照） （DGRCゲノムビューアーへのリンクあり、ダウンロードファイルでは、リンクタグあり）
Map Viewer DGRCNumber（TogoDBでは、DGRCゲノムビューアーへのリンクあり）
Related Genes 関連する遺伝子名
Original Number GETDBにおける系統番号
Chr. 染色体番号
Comments コメント
Balancer バランサー染色体名
Link to Clone Table クローンリストへのリンク（ダウンロードファイルでは空きカラム）
Num of clones クローン数
Cluster id クラスターID（複数あり）
Link to Cluster Table クラスターID。IDが複数の場合、%7C(UTF8でデコードした"|"）で区切られる。（TogoDBでは、クラスターテーブルへのリンク）
Num of clusters クラスター数
Stock Request ストックの注文へのリンク（ダウンロードファイルでは空きカラム）
発現情報
Embryonic Expression 胚での発現情報
Larval GFP 幼生でのGFP発現情報
Larval X-gal 幼生でのX-gal発現情報
Adult GFP 成体でのGFP発現情報
Lethality 致死性
Also known as 遺伝子型の別名
Original Comments オリジナルコメント(GETDBにおけるコメント）
発現蛍光画像
Disc(Image) 成虫盤での発現画像
Disc (Number) 成虫盤での発現画像の数
Embryo(Image) 胚での発現画像
Embryo (Number) 胚での発現画像の数
Larval GFP(Image) 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像
Larval GFP (Number) 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像の数
Adult(Image) 成体での発現画像
Adult (Number) 成体での発現画像の数

2.3 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノムマッピングデータテーブル（Clone List）

データ名 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノムマッピングデータテーブル（Clone List）
データ内容の説明 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの挿入位置とその下流側に隣接する配列データを、 クローン毎に表したテーブル。 5555クローン。
データファイル getdb_clone.zip (1.4MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Clone Name ○ ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの5'末端に隣接するゲノム配列のクローンの名称
DGRC Number ○ 系統番号（TogoDBではStrain Tableへのリンク）
Cluster Id ○ ゲノム挿入座標のクラスタID（TogoDBではClusterTableへのリンク）
Strand ゲノム配列への挿入の方向（*）
Insertion Point ゲノム配列上の挿入位置（*）
Chr. Band 染色体バンド
Flanking Sequence 挿入点の下流側に隣接する配列


*1: Berkeley Drosophila Genome Project（BDGP）/Celeraによって決定された配列 (Release 3.1)とFlanking SequenceとのBLAST検索によって得られた。

2.4 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノム挿入位置のクラスタリングデータテーブル（Cluster List）。

データ名 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノム挿入位置のクラスタリングデータテーブル（Cluster List）。
データ内容の説明 ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの挿入位置を、 相互の位置の近さによってクラスタリングしたクラスタデータ。 2099クラスタ。
データファイル getdb_cluster.zip (56KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
ClusterId ○ ゲノム挿入座標のクラスタID
Cluster Member(Clone Name : Cluster Id) クラスタに属する挿入点列のそれぞれに対応するClone Name
Cluster Size クラスタに属する挿入座標の数
Link to Clone Table Cluster ID。（TogoDBではCloneTableへのリンク）
Link to Strain Table Cluster ID。（TogoDBではStrain Tableへのリンク）
Chr. Band 染色体バンド
Insertion Point (Min) ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最小値
Insertion Point (Max) ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最大値
Max-Min ゲノム配列上の挿入位置の最大値－最小値

2.5 ショウジョウバエGAL4エンハンサートラップ系統の発現画像データ

データ名 ショウジョウバエGAL4エンハンサートラップ系統の発現画像データ
データ内容の説明 ショウジョウバエの発生段階別の3075枚の発現画像データ。
画像は下記の４つの発生段階に種別される。
・成虫盤での発現画像
・胚での発現画像
・幼生をGFPで染色した蛍光発現画像
・成体での発現画像
画像ファイルはJPEG形式である。ファイル名は、
「系統に対応する番号」_「発生段階を示すアルファベット1文字（成虫盤（d）、肺（e)、幼生(g)、成体(a)）」「系統内での発生段階別の画像の通し番号」.jpg
となっている（例： 4310_d1.jpg) 。「系統に対応する番号」とDGRC Numberの対応は、ZIPファイル中のdgrcnum_imagenum.csv ファイルに記載されている。
データファイル getdb_images.zip (247MB)
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3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
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クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒650-0047
兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
発生再生科学総合研究センター
形態形成シグナル研究グループ
林 茂生
Tel: 078-306-3185 / FAX: 078-306-3183
E-mail: shayashi[at]cdb[dot]riken[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/5/9 統括サイトのURLを修正
2010/2/17 データベースアーカイブサービスにてダウンロードデータ公開開始
2003/8/1 GETDB(http://kyotofly.kit.jp/stocks/GETDB/getdb.html)で公開開始
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5. 参考文献

Hayashi S, Ito K, Sado Y, Taniguchi M, Akimoto A, Takeuchi H, Aigaki T, Matsuzaki F, Nakagoshi H, Tanimura T, Ueda R, Uemura T, Yoshihara M, Goto S.
GETDB, a database compiling expression patterns and molecular locations of a collection of Gal4 enhancer traps.
PMID: 12324948

6.連絡先

「GETDB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先：
〒650-0047
兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
発生再生科学総合研究センター
形態形成シグナル研究グループ
林 茂生
Tel: 078-306-3185 / FAX: 078-306-3183
E-mail: shayashi[at]cdb[dot]riken[dot]jp

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