ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約4600の挿入系統を作成し、 それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。 また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を2157カ所の独立したサイトについて明らかにした。 本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。
データ名 | README |
データ内容 | 「GETDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の発現情報データテーブル(Strain List) |
データ内容の説明 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統の系統関連情報、 及びエンハンサー活性の発現に関するテキスト情報と発現画像データ。 4,250系統。 |
データファイル | getdb.zip (345KB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
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系統情報 | |||
DGRC Number | ○ | DGRC(Drosophila Genetic Resource Center)の系統番号(TogoDBでは、DGRCへのリンク) | |
Genotype | 遺伝子型 | ||
Insertion Site | 物理地図上の挿入部位、複数ある場合は”;”で区切る(http://www.dgrc.kit.jp/~jdd/chromosome/index.html参照) (DGRCゲノムビューアーへのリンクあり、ダウンロードファイルでは、リンクタグあり) | ||
Map Viewer | DGRCNumber(TogoDBでは、DGRCゲノムビューアーへのリンクあり) | ||
Related Genes | 関連する遺伝子名 | ||
Original Number | GETDBにおける系統番号 | ||
Chr. | 染色体番号 | ||
Comments | コメント | ||
Balancer | バランサー染色体名 | ||
Link to Clone Table | クローンリストへのリンク(ダウンロードファイルでは空きカラム) | ||
Num of clones | クローン数 | ||
Cluster id | クラスターID(複数あり) | ||
Link to Cluster Table | クラスターID。IDが複数の場合、%7C(UTF8でデコードした"|")で区切られる。(TogoDBでは、クラスターテーブルへのリンク) | ||
Num of clusters | クラスター数 | ||
Stock Request | ストックの注文へのリンク(ダウンロードファイルでは空きカラム) | ||
発現情報 | |||
Embryonic Expression | 胚での発現情報 | ||
Larval GFP | 幼生でのGFP発現情報 | ||
Larval X-gal | 幼生でのX-gal発現情報 | ||
Adult GFP | 成体でのGFP発現情報 | ||
Lethality | 致死性 | ||
Also known as | 遺伝子型の別名 | ||
Original Comments | オリジナルコメント(GETDBにおけるコメント) | ||
発現蛍光画像 | |||
Disc(Image) | 成虫盤での発現画像 | ||
Disc (Number) | 成虫盤での発現画像の数 | ||
Embryo(Image) | 胚での発現画像 | ||
Embryo (Number) | 胚での発現画像の数 | ||
Larval GFP(Image) | 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像 | ||
Larval GFP (Number) | 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像の数 | ||
Adult(Image) | 成体での発現画像 | ||
Adult (Number) | 成体での発現画像の数 |
データ名 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノムマッピングデータテーブル(Clone List) |
データ内容の説明 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの挿入位置とその下流側に隣接する配列データを、 クローン毎に表したテーブル。 5555クローン。 |
データファイル | getdb_clone.zip (1.4MB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
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Clone Name | ○ | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの5'末端に隣接するゲノム配列のクローンの名称 | |
DGRC Number | ○ | 系統番号(TogoDBではStrain Tableへのリンク) | |
Cluster Id | ○ | ゲノム挿入座標のクラスタID(TogoDBではClusterTableへのリンク) | |
Strand | ゲノム配列への挿入の方向(*) | ||
Insertion Point | ゲノム配列上の挿入位置(*) | ||
Chr. Band | 染色体バンド | ||
Flanking Sequence | 挿入点の下流側に隣接する配列 |
*1: Berkeley Drosophila Genome Project(BDGP)/Celeraによって決定された配列 (Release 3.1)とFlanking SequenceとのBLAST検索によって得られた。
データ名 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップ系統のゲノム挿入位置のクラスタリングデータテーブル(Cluster List)。 |
データ内容の説明 | ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの挿入位置を、 相互の位置の近さによってクラスタリングしたクラスタデータ。 2099クラスタ。 |
データファイル | getdb_cluster.zip (56KB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
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ClusterId | ○ | ゲノム挿入座標のクラスタID | |
Cluster Member(Clone Name : Cluster Id) | クラスタに属する挿入点列のそれぞれに対応するClone Name | ||
Cluster Size | クラスタに属する挿入座標の数 | ||
Link to Clone Table | Cluster ID。(TogoDBではCloneTableへのリンク) | ||
Link to Strain Table | Cluster ID。(TogoDBではStrain Tableへのリンク) | ||
Chr. Band | 染色体バンド | ||
Insertion Point (Min) | ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最小値 | ||
Insertion Point (Max) | ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最大値 | ||
Max-Min | ゲノム配列上の挿入位置の最大値-最小値 |
データ名 | ショウジョウバエGAL4エンハンサートラップ系統の発現画像データ |
データ内容の説明 | ショウジョウバエの発生段階別の3075枚の発現画像データ。 画像は下記の4つの発生段階に種別される。 ・成虫盤での発現画像 ・胚での発現画像 ・幼生をGFPで染色した蛍光発現画像 ・成体での発現画像 画像ファイルはJPEG形式である。ファイル名は、 「系統に対応する番号」_「発生段階を示すアルファベット1文字(成虫盤(d)、肺(e)、幼生(g)、成体(a))」「系統内での発生段階別の画像の通し番号」.jpg となっている(例: 4310_d1.jpg) 。「系統に対応する番号」とDGRC Numberの対応は、ZIPファイル中のdgrcnum_imagenum.csv ファイルに記載されている。 |
データファイル | getdb_images.zip (247MB) |
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Tel: 078-306-3185 / FAX: 078-306-3183
E-mail: shayashi[at]cdb[dot]riken[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
2010/2/17 | データベースアーカイブサービスにてダウンロードデータ公開開始 |
2003/8/1 | GETDB(http://kyotofly.kit.jp/stocks/GETDB/getdb.html)で公開開始 |
データベース作成者連絡先:
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兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
発生再生科学総合研究センター
形態形成シグナル研究グループ
林 茂生
Tel: 078-306-3185 / FAX: 078-306-3183
E-mail: shayashi[at]cdb[dot]riken[dot]jp