GenoBase ver.6

2012/03/30

Web Site: GenoBase ver.6
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/genobase_v6/

大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース

README 目次

ダウンロードデータの構成
ダウンロードデータの説明
本データベースの利用許諾
更新履歴
参考文献
連絡先

1. ダウンロードデータの構成

README
メインテーブル
遺伝子情報
ECK-COG情報
ASKA Clone情報
Keio Collection情報
文献情報
ORF配列情報
PPI実験情報
転写因子情報
Kohara Clone情報

トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「GenoBase ver.6」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html（日本語）

トップに戻る

2.2 メインテーブル

データ名	メインテーブル
データ内容の説明	ORFと遺伝子の情報を中心に、クローンや配列情報へのリンクを表示したテーブル。GenoBaseデータの全体像を俯瞰することができる。
データファイル	genobase_main.zip (159KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gene ID	遺伝子のID
Gene Name	遺伝子の名前
Synonym	遺伝子名のシノニム
Left Point	ORFのゲノム上の開始位置
Right Point	ORFのゲノム上の終了位置
Direction	ORFの向き（5'->3'なら1、3'->5'なら-1、不明なら0）
Description	遺伝子の説明
Old JW	以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID
MG1655 ID	この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID
New JW	現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている）
Accession	遺伝子に関連するUniprotエントリのID
ECK No	このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク
Status	このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている）
ASKA Clone	この遺伝子についてPPI実験を行ったASKA Cloneの情報にリンク
DEL Clone	この遺伝子の欠失株であるKeio Collectionの情報にリンク
Reference	この遺伝子について記載された文献番号（文献情報にリンク）
Sequence	このORFの配列情報にリンク

2.3 遺伝子情報

データ名	遺伝子情報
データ内容の説明	大腸菌Escherichia coliのORF及び遺伝子の情報
データファイル	genobase_gene.zip (334KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gene ID	遺伝子のID
Key	配列の種類（"orf", "rna","rep_origin"のいずれか）
Gene Name	遺伝子の名前
Synonym	遺伝子名のシノニム
Left Point	ORFのゲノム上の開始位置
Right Point	ORFのゲノム上の終了位置
Direction	ORFの向き（5'->3'なら1、3'->5'なら-1、不明なら0）
Function	遺伝子の機能（現在は利用されていない）
Description	遺伝子の説明
Comment	この遺伝子に対するコメント
Reference	この遺伝子について記載された文献
Old JW	以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID
Sharp ID	遺伝子のID（Gene IDとは別の体系）
Old ID	以前に割り当てられていたSharp ID
MG1655 ID	この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID
Swissprot	この遺伝子に関連するSwissprotのID（現在は利用されていない）
E value	この遺伝子配列と他の配列との間の相同性の期待値
EC ID	この遺伝子に関連する酵素番号
EG ID	この遺伝子に関連するEcoGeneのID
PEC ID	この遺伝子に関連するProfiling of E.coli ChoromosomeのID
New JW	現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている）
Accession	遺伝子に関連するUniprotエントリのID
ECK No	このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク
Locus	遺伝子座の名前
History	このエントリの変更履歴
Comment2	この遺伝子に対するコメント
Literature	この遺伝子に関する文献のPubmed ID
Status	このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている）

2.4 ECK-COG情報

データ名	ECK-COG情報
データ内容の説明	本データベースの遺伝子情報に対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号（ECK番号）、及びその相同遺伝子分類（COG番号）と機能
データファイル	genobase_eck_cog.zip (24KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ECK No	Escherichia coli K-12株上の遺伝子番号
COG No	ECKの相同遺伝子分類番号
Function	COGの機能分類記号
Description	上記分類記号の説明

2.5 ASKA Clone情報

データ名	ASKA Clone情報
データ内容の説明	大腸菌Escherichia coliの全遺伝子のプラスミドクローンであるASKA Clone(http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/nbrp/explanation/askaClone.jsp)と、これを使用して行ったGFPやIPTG実験の情報
データファイル	genobase_aska_clone.zip (144KB )

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gene ID	クローン上にある遺伝子のID
Clone Name	クローン名
Primer Seq n	5'末端側プライマーの配列
Primer Mod n	5'末端側プライマーの標識物質
Primer Seq c	3'末端側プライマーの配列
Primer Mod c	3'末端側プライマーの標識物質
IPTG	IPTGを使用した場合の遺伝子発現の度合
GFP	GFPを使用した場合の遺伝子の蛍光の強さ
Gel No	PPI実験で使用したゲルの番号
GFP Photo	GFPを使用した遺伝子の蛍光写真の番号
Arc No	上記写真のアーカイブ番号
Number	撮影した写真数
Pattern Name	GFPの蛍光パターン
IPTG Flag	IPTGの効果の有無（"+"または"-"）

2.6 Keio Collection情報

データ名	Keio Collection情報
データ内容の説明	本データベースに収録した遺伝子の欠失株であるKeio Collection(http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/nbrp/explanation/keioCollection.jsp)の情報
データファイル	genobase_v6_ex_deletion.zip (144KB )

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gene ID	遺伝子のID
Clone Name	この遺伝子が欠失しているクローンの名前
Primer Seq n	5'末端側プライマーの配列
Primer Seq c	3'末端側プライマーの配列

2.7 文献情報

データ名	文献情報
データ内容の説明	本データベースに収録した遺伝子や転写因子に関する文献の情報
データファイル	genobase_v6_reference.zip (353KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Reference No	文献番号
Journal	雑誌名
Year	発行年
Volume	巻番号
PP Start	記載開始ページ
PP End	記載終了ページ
Author	著者名
Title	文献タイトル
Gene Name	文献に記載された遺伝子名

2.8 ORF配列情報

データ名	ORF配列情報
データ内容の説明	本データベースに収録したORF及びその上流・下流の配列等
データファイル	genobase_v6_seq.zip (2.78MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gene ID	遺伝子のID
Left Point	ORFのゲノム上の開始位置
Right Point	ORFのゲノム上の終了位置
Direction	ORFの向き（5'->3'なら1、3'->5'なら-1、不明なら0）
Map min	ゲノム長を100とした場合の、このORFの位置
NT Seq Length	ORF配列長
AA Seq Length	ORF配列を翻訳したアミノ酸配列長
Start Codon	開始コドン
Stop Codon	終止コドン
Upstream Sequence	ORFの上流500bpの配列
Sequence	ORF配列
Amino Acid Sequence	ORF配列を翻訳したアミノ酸配列
Downstream Sequence	ORFの下流200bpの配列

2.9 PPI実験情報

データ名	PPI実験情報
データ内容の説明	ASKA Cloneを使って行ったタンパク質間相互作用の実験情報
データファイル	genobase_v6_ppi.zip (388KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gel No	ゲルの番号
HIS Tag	HISタグの付いたベイトタンパク質を発現する遺伝子のID
Gene	上記の遺伝子の名前
MW	ベイトタンパク質の分子量（計算値）
Protein	ベイトタンパク質の名前
Sample ID	実験サンプルのID
Coverage	実験で得られたペプチドがアミノ酸配列に占める割合
JW	ベイトタンパク質に結合するプレイタンパク質を発現する遺伝子のID
Sharp ID	上記遺伝子のID（JWとは別系統）
Target Gene	上記遺伝子の名前
MW(exp)	結合したペプチドの分子量（実験値）
PI	結合したペプチドの等電点
Comment1	コメント
Comment2	コメント
Comment3	コメント
Comment4	コメント

2.10 転写因子情報

データ名	転写因子情報
データ内容の説明	大腸菌Escherichia coliゲノムで作用する転写因子の情報
データファイル	genobase_v6_ppi.zip (388KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Gel No	ゲルの番号
TI No	転写因子番号
Operon Name	オペロンの名前
Init Position	ゲノム上の転写開始点
Direction	転写の向き（5'->3'なら"+"、3'->5'なら"-"）
Sigma Factor	シグマ因子
Regulator	転写制御因子
Operated Gene	この転写に関与するタンパク質を発現する遺伝子のID
Reference No	この転写に関する文献情報の番号

2.11 Kohara Clone情報

データ名	Kohara Clone情報
データ内容の説明	大腸菌Escherichia coliのゲノムDNAをラムダファージベクターに組み込んで作成した小原クローンの情報
データファイル	kohara_clone.zip (24KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Kohara ID	クローンのID
Left Point	クローンのゲノム上の開始位置
Right Point	クローンのゲノム上の終了位置
Length	クローンの配列長
Name	クローン名
Left Seq	開始点から50bp分の配列
Right Seq	終止点まで50bp分の配列
Comment	コメント

トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2012/03/30

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”GenoBase ver.6 © 森浩禎 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示継承2.1 日本”ですので、利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要はこちらです。具体的な許諾条項はこちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916番地の5
奈良先端科学技術大学院大学　生体情報学講座
E-mail: ecoli_admin[at]gtc[dot]naist[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日	更新内容
2012/03/30	生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/05	GenoBase ver.6(http://ecoli.aist-nara.ac.jp/index.html)で公開開始

トップに戻る

5. 参考文献

Arifuzzaman M, Maeda M, Itoh A, Nishikata K, Takita C, Saito R, Ara T, Nakahigashi K, Huang HC, Hirai A, Tsuzuki K, Nakamura S, Altaf-Ul-Amin M, Oshima T, Baba T, Yamamoto N, Kawamura T, Ioka-Nakamichi T, Kitagawa M, Tomita M, Kanaya S, Wada C, Mori H.
Large-scale identification of protein-protein interaction of Escherichia coli K-12.
Genome Res. 2006 May;16(5):686-91. Epub 2006 Apr 10.
PMID: 16606699

6. 連絡先

「GenoBase ver.6」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916番地の5
奈良先端科学技術大学院大学　生体情報学講座
E-mail: ecoli_admin[at]gtc[dot]naist[dot]jp

トップに戻る