文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベース
データ名 | README |
データ内容 | 「fRNAdb」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | fRNAdbサマリ |
データ内容の説明 | 機能性RNAデータベースは、文献で報告された機能性RNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。 |
データファイル | frnadb_summary.zip (46.5 MB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | エントリのID |
Accession | アクセション番号 |
Description | 説明 |
SO name | 配列オントロジーによる分類 |
Organism | 生物種 |
Xref | クロスリファレンス情報 |
Length | 配列長 |
Sequence | 配列 |
Second Structure Thumbnail | RNA二次構造画像のサムネイル |
Second Structure (PNG) | RNA二次構造画像(PNG形式) |
Second Structure (PDF) | RNA二次構造画像(PDF形式) |
データ名 | データベースダンプ |
データ内容の説明 |
オリジナルサイトで公開されていたデータベースをダンプしたデータ |
データファイル | Database_Dump (673 MB) |
データ名 | 配列データ |
データ内容の説明 |
機能性RNAの配列ファイル(FASTA形式) |
データファイル | Sequence_Data (102 MB) |
データ名 | マッピング情報 |
データ内容の説明 |
4生物種ゲノムに対するマッピング結果 |
データファイル | Mapping_Information (120 MB) |
データ名 | RNA二次構造イメージ |
データ内容の説明 |
各エントリのRNA二次構造の画像データ |
データファイル | RNA_secondary_structure_image (9.6 GB) |
データ名 | 補足データ |
データ内容の説明 |
・xref.zip:エントリのID、アクセション番号、マッピングされたゲノム上の位置(ヒトのみ) |
データファイル | Supplementary_Data (3.8 MB) |
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データベース作成者連絡先:
光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
2016/03/29 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2006/12 | fRNAdb (http://www.ncrna.org/)で公開開始 |
光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp