fRNAdb
2016/03/29
HTTPS Site:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/frnadb/
文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベース
README 目次
- ダウンロードデータの構成
- ダウンロードデータの説明
- 本データベースの利用許諾
- 更新履歴
- 参考文献
- 連絡先
1. ダウンロードデータの構成
- README
- fRNAdbサマリ
- データベースダンプ
- 配列データ
- マッピング情報
- RNA二次構造イメージ
- 補足データ
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 |
README |
| データ内容 |
「fRNAdb」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 |
README.html(日本語) |
2.2 fRNAdbサマリ
| データ名 |
fRNAdbサマリ |
| データ内容の説明 |
機能性RNAデータベースは、文献で報告された機能性RNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。 |
| データファイル |
frnadb_summary.zip (46.5 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
| ID |
エントリのID |
| Accession |
アクセション番号 |
| Description |
説明 |
| SO name |
配列オントロジーによる分類 |
| Organism |
生物種 |
| Xref |
クロスリファレンス情報 |
| Length |
配列長 |
| Sequence |
配列 |
| Second Structure Thumbnail |
RNA二次構造画像のサムネイル |
| Second Structure (PNG) |
RNA二次構造画像(PNG形式) |
| Second Structure (PDF) |
RNA二次構造画像(PDF形式) |
2.3 データベースダンプ
| データ名 |
データベースダンプ |
| データ内容の説明 |
オリジナルサイトで公開されていたデータベースをダンプしたデータ
fRNAdb.pdf:データベースのスキーマ図 fRNAdb_schema.sql:データベースのスキーマファイル
fRNAdb_table.7z:データベースのダンプファイル
fRNAdbtsv.zip:ダンプファイルをタブ区切りテキストに変換したファイル
|
| データファイル |
Database_Dump (673 MB) |
2.4 配列データ
| データ名 |
配列データ |
| データ内容の説明 |
機能性RNAの配列ファイル(FASTA形式)
・sequence.zip:以下の各ファイルの配列をすべてまとめたもの
・mirna.zip:miRNAの配列 ・ncrna.zip:ncRNAの配列
・shortread.zip:ショートリードシーケンサーから得られた配列
・上記以外:各生物種の配列
|
| データファイル |
Sequence_Data (102 MB) |
2.5 マッピング情報
| データ名 |
マッピング情報 |
| データ内容の説明 |
4生物種ゲノムに対するマッピング結果
・dm3_*.zip:ショウジョウバエ
・hg18_*.zip:ヒト
・mm9_*.zip:マウス
・rn3_*.zip:ラット
|
| データファイル |
Mapping_Information (120 MB) |
2.6 RNA二次構造イメージ
| データ名 |
RNA二次構造イメージ |
| データ内容の説明 |
各エントリのRNA二次構造の画像データ
・png.zip:RNA二次構造の画像データ(PNG形式)
・pdf.zip:RNA二次構造の画像データ(PDF形式)
・thumbnail.zip:RNA二次構造画像のサムネイル(JPG形式)
|
| データファイル |
RNA_secondary_structure_image (9.6 GB) |
2.7 補足データ
| データ名 |
補足データ |
| データ内容の説明 |
・xref.zip:エントリのID、アクセション番号、マッピングされたゲノム上の位置(ヒトのみ)
・count_taxon.tsv:fRNAdbに収録された全生物種のリストと収録数
|
| データファイル |
Supplementary_Data (3.8 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/03/29
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”fRNAdb © 光山 統泰 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先:
光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
5. 参考文献
Kin T, Yamada K, Terai G, Okida H, Yoshinari Y, Ono Y, Kojima A, Kimura Y, Komori T, Asai K.
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
Nucleic Acids Research/2007/D145-8
PMID:
17099231
Mituyama T, Yamada K, Hattori E, Okida H, Ono Y, Terai G, Yoshizawa A, Komori T, Asai K.
The Functional RNA Database 3.0: databases to support mining and annotation of functional RNAs.
Nucleic Acids Research/2009/D89-92
PMID:
18948287
6. 連絡先
「fRNAdb」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp