原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Fluorome」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
| データ名 | Cyanobacteria変異体のORFのクロロフィル蛍光時系列データ |
| データ内容の説明 | Cyanobacteria ORF情報（ORF name、Gene name、Location of mutation、Product description）と蛍光時系列グラフ画像ファイル名。 CSV形式のテキストファイル。 |
| データファイル | fluorome.zip(13.2KB) |
| 項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
|---|---|---|---|
| ID | 〇 | データのID | |
| BOX | ORFの管理ID | ||
| ORF | ORFのID | ||
| Gene name | 遺伝子名 | ||
| Location of mutation | 変異位置 | ||
| Product description | 遺伝子産物 | ||
| Fluorescence kinetics (Low light) | クロロフィル蛍光時系列データ（弱光）のグラフ画像ファイル名 | ||
| Fluorescence kinetics (Hight light) | クロロフィル蛍光時系列データ（強光）のグラフ画像ファイル名 | ||
| Similar ORF list | ORFリストへのリンク情報 |
| データ名 | クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル |
| データ内容の説明 | 変異体の細胞を弱光条件から強光条件に移した直後の蛍光強度変化を時系列データとして取得した。
対照として、野生型の細胞からも同時に蛍光の時系列データを取得した。
培養時の明るさを２種類設定（200、及び 20 micro-mol photons /m2 s）してそれぞれデータを取得した。 各データはタブ区切りテキストファイルで全データをZIP形式で圧縮。 ファイル名はBOX名と弱光（L）、強光（H）と拡張子（.txt)。 (例：01_C_10_H.txt、01_C_10_L.txt） |
| データファイル | fluorome_data.zip (29.5MB) |
| データ名 | クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル |
| データ内容の説明 | 変異体、野生型のクロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル。 弱光条件、強光条件のグラフ画像ファイル（PNG形式）、計947ファイルをZIP形式で圧縮。 |
| データファイル | fluorome_graph.zip (23.3MB) |
| データ名 | Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離 |
| データ内容の説明 | 異なる変異体の蛍光時系列データ間の類似度距離を、 ２種類定義（データの差分の絶対値を用いた定義、 及びデータの差分の微分値を用いた定義）して計算した。 CSV形式のテキストファイル。 |
| データファイル | fluorome_sim.zip(11MB) |
| 項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
|---|---|---|---|
| id | ○ | データのID | |
| Distance (absolute comparison) (low) | 弱光条件の類似度距離（データの差分の絶対値） | ||
| Distance (derivative comparison) (low) | 弱光条件の類似度距離（データの差分の微分値） | ||
| Fluorescence kinetics of ORF1 (low) | ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名 | ||
| Fluorescence kinetics of ORF2 (low) | ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名 | ||
| Distance (absolute comparison) (high) | 強光条件の類似度距離（データの差分の絶対値） | ||
| Distance (derivative comparison) (high) | 強光条件の類似度距離（データの差分の微分値） | ||
| Fluorescence kinetics of ORF1 (high) | ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名 | ||
| Fluorescence kinetics of ORF2(high) | ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名 | ||
| BOX1 | ORF1の管理ID | ||
| ORF1 Location of mutation | ORF1の変異位置 | ||
| ORF1 | ORF1のID | ||
| ORF1 Gene name | ORF1の遺伝子名 | ||
| ORF1 Product description | ORF1の遺伝子産物 | ||
| BOX2 | ORF2の管理ID | ||
| ORF2 Location of mutation | ORF2の変異位置 | ||
| ORF2 | ORF2のID | ||
| ORF2 Gene name | ORF2の遺伝子名 | ||
| ORF2 Product description | ORF2の遺伝子産物 |
本データベースの標準利用許諾は、
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データベース作成者連絡先：
〒162-8480 東京都新宿区若松町2-2 教育・総合科学学術院
電話：03-5369-7306
E-mail :sonoike[at]waseda[dot]jp
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| 更新日 | 更新内容 |
| 2010/02/15 | 利用許諾のクレジットの記載方法を変更 |
| 2009/9/25 | 運用機関名変更に伴うデータベースのメタデータの更新 |
| 2009/7/1 | データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2007/6/23 | オリジナルサイト(http://sunlight.k.u-tokyo.ac.jp/fluorome/)で公開開始 |
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〒162-8480 東京都新宿区若松町2-2 教育・総合科学学術院
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