BAM  @HD	VN:1.3	SO:coordinate
@SQ	SN:chr1	LN:249250621	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr2	LN:243199373	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr3	LN:198022430	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr4	LN:191154276	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr5	LN:180915260	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr6	LN:171115067	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr7	LN:159138663	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr8	LN:146364022	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr9	LN:141213431	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr10	LN:135534747	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr11	LN:135006516	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr12	LN:133851895	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr13	LN:115169878	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr14	LN:107349540	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr15	LN:102531392	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr16	LN:90354753	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr17	LN:81195210	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr18	LN:78077248	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr19	LN:59128983	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr20	LN:63025520	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr21	LN:48129895	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chr22	LN:51304566	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chrM	LN:16571	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chrX	LN:155270560	AS:hg19	SP:
@SQ	SN:chrY	LN:59373566	AS:hg19	SP:
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.15-r1140	CL:bwa sampe -A -a 2000000 /home/plessy/pipelines/NCig10014/temp/NCig10014/genome/output/hg19_male.fa /home/plessy/pipelines/NCig10014/temp/NCig10014/bwa_aln_R1/output/NCig10014.R1.sai /home/plessy/pipelines/NCig10014/temp/NCig10014/bwa_aln_R2/output/NCig10014.R2.sai /home/plessy/pipelines/NCig10014/temp/NCig10014/matchPairedEndSeq/output5/NCig10014.R1.fq /home/plessy/pipelines/NCig10014/temp/NCig10014/matchPairedEndSeq/output3/NCig10014.R2.fq
@RG	CN:CLST	ID:NCig10014.R1	LB:NCig10014	PU:Illumina GAIIx	SM:R1	PL:NOT_KNOWN
      chr1 =C   chr2 ~   chr3    chr4 dd   chr5 <
   chr6 ;3
   chr7 gC|	   chr8 vV   chr9 j   chr10    chr11 4	   chr12 j   chr13 VZ   chr14 $f   chr15 @   chr16 Ab   chr17    chr18 @]   chr19 <   chr20 p   chr21 gg   chr22 v   chrM @     chrX =A	   chrY 