EGTC

2010/03/19

WebSite: EGTC
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/etgc

遺伝子を破壊した後で様々な修飾を行うことが出来る可変型遺伝子トラップ法により作製したマウスES細胞のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. クローン
  3. トラップベクター
  4. セルライン
  5. メソッド
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「EGTC」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 クローン

データ名 クローン
データ内容の説明 可変型遺伝子トラップES細胞クローン
データファイル egtc.zip (46.7MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
EGTC ID   EGTCのID
Registered     データ登録日
Last Update     データ更新日
Gene Name     遺伝子名
Gene Symbol     遺伝子シンボル
Chromosome     染色体
Genomic Location     ゲノム上の位置
Mapping result (BLAT)     UCSC Genome BLATによるマッピング結果(画像)
Synonyms     シノニム
Link-UCSC Browser     トラップした遺伝子全体を示すUCSC Genome Mapへのリンク
Link-NCBI Entrez Gene     各遺伝子に関したNCBI Entrez Geneへのリンク
Link-IGTC     各遺伝子に関したIGTCへのリンク
Link-UniGene     各遺伝子に関したUniGeneへのリンク
Link-Ensembl ContigView     各遺伝子に関したEnsembl ContigViewへのリンク
Link-MGI     各遺伝子に関したMGIへのリンク
Link-KEGG GENES     各遺伝子に関したKEGG GENESへのリンク
Link-EST Profile     各遺伝子に関したUniGeneのEST Profileへのリンク
Other clone traped this gene     他のこの遺伝子をトラップしたクローン
Trap vector   トラップベクター名
Cell Line   クローン作製に用いたES細胞系統名
Method   トラップした遺伝子の同定に用いた手法
Accession     トラップ配列のアクセッション番号およびNCBI GSSへのリンク
GSS Location     トラップ配列のゲノム上の位置
Size     トラップ配列の長さ
Sequence     トラップ配列
Link (sequence) - UCSC Browser     トラップ配列を全長とするUCSC Genome Mapヘのリンク
Link (sequence) - IGTC     IGTCに登録されているトラップクローンのページヘのリンク
Homology Search Results     ホモロジー検索結果およびNCBI Nucleotideへのリンク
Mouse Information - Card ID     CARD R-BASEに寄託しているマウス系統へのリンク
Mouse Information - Strain Name     マウス系統名
Mouse Information - Internal Code     ニックネームあるいは通称
Mouse Information - Description     ES細胞およびマウス系統についての説明
Mouse Information - Links     各遺伝子に関したIMSR(International Mouse Strain Resource)ヘのリンク

2.3 トラップベクター

データ名 トラップベクター
データ内容の説明 トラップベクターとその説明
データファイル egtc_trap_vector.zip (99KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Trap Vector Name   トラップベクター名
Description     トラップベクターの説明
Image     トラップベクターの構造の図

2.4 セルライン

データ名 セルライン
データ内容の説明 クローン作製に用いたES細胞系統とその説明
データファイル egtc_cell_line.zip (1KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Cell Line   ES細胞系統の名称
Description     ES細胞系統の説明

2.5 セルライン

データ名 メソッド
データ内容の説明 トラップした遺伝子の同定に用いた方法とその説明
データファイル egtc_method.zip (100KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Method   遺伝子同定法の名称
Description     遺伝子同定法の説明
Image     遺伝子同定法の説明図
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/03/??

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”EGTC, Copyright© 2010 荒木正健 (筑波大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒860-0811 熊本市本荘2-2-1
熊本大学 生命資源研究・支援センター
Tel: +81-96-373-6501
Fax: +81-96-373-6502
E-mail: egtc[at]gtc[dot]gtca[dot]kumamoto-u[dot]ac[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/03/19 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2004/08 EGTC(http://egtc.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

Araki, M., Araki, K., Yamamura, K.
International Gene Trap Project: towards gene-driven saturation mutagenesis in mice.
Curr. Pharm. Biotechnol./ 2009/ 10, 221-229.
PMID: 19199955

6.連絡先

「EGTC」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒860-0811 熊本市本荘2-2-1
熊本大学 生命資源研究・支援センター
Tel: +81-96-373-6501
Fax: +81-96-373-6502
E-mail: egtc[at]gtc[dot]gtca[dot]kumamoto-u[dot]ac[dot]jp

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