Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベース
データ名 | README |
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データ内容 | 「ChIP-Atlas」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html (日本語) |
データ名 | Experiment list |
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データ内容の説明 | Sequence Read Archive における Experiment ID に従って分類された ChIP-Seq データのメタデータのリスト。リファレンスゲノムデータ、抗原、細胞株の分類などの情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。 |
データファイル | chip_atlas_experiment_list.zip (5.3 MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Experimental ID | Experimental ID (SRX, ERX, DRX) |
Genome assembly | Genome assembly |
Antigen class | Antigen class |
Antigen | Antigen |
Cell type class | Cell type class |
Cell type | Cell type |
Cell type description | Cell type description |
Processing logs | Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05]) |
Title | Title submitted by authors |
Meta data | Meta data submitted by authors |
BigWig | Link to a BigWig-formatted coverage score binary file. |
Peak-call (BED) (q < 1E-05) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05. |
Peak-call (BED) (q < 1E-10) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10. |
Peak-call (BED) (q < 1E-20) | Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20. |
Peak-call (BigBed) (q < 1E-05) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05). |
Peak-call (BigBed) (q < 1E-10) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10). |
Peak-call (BigBed) (q < 1E-20) | Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20). |
データ名 | File list |
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データ内容の説明 | メタデータによる分類に従って結合されたbed ファイルのリストとその分類のリスト。リファレンスゲノム、抗原、細胞株、結合された各実験データのID の情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。 |
データファイル | chip_atlas_file_list.zip (7.5 MB) |
項目名 | 項目の説明 |
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File name | File name |
Genome assembly | Genome assembly |
Antigen class | Antigen class |
Antigen | Antigen |
Cell type class | Cell type class |
Cell type | Cell type |
Threshold | Threshold |
Experimental IDs included | Experimental IDs included |
Peak-call (BED) | Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the "Experimental IDs included". |
データ名 | Analysis list |
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データ内容の説明 | ChIP-Atlas において提供している Target gene analysis および Colocalization analysis のファイルパスを生成するためのメタデータのリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。 |
データファイル | chip_atlas_analysis_list.zip (50.0 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Antigen | Antigen |
Cell type class in Colocalization | Cell type class in Colocalization (comma separated) |
Recorded (+) or not (-) in Target Genes | Target gene analysis performed or not (+/-) |
Genome assembly | Genome assembly |
Target Genes (TSS ±1k) | Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site). |
Target Genes (TSS ±5k) | Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site). |
Target Genes (TSS ±10k) | Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site). |
Colocalization (TSV) | Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class. |
Colocalization (GML) | Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class. |
データ名 | Antigen list |
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データ内容の説明 | ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる抗原の名称のリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。 |
データファイル | chip_atlas_antigen_list.zip (194 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Genome assembly | Genome assembly |
Antigen class | Antigen class |
Antigen | Antigen |
Number of experiments | Number of experiments |
Experimental IDs included | Experimental IDs included |
データ名 | Cell type list |
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データ内容の説明 | ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる細胞株の名称のリスト。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。 |
データファイル | chip_atlas_celltype_list.zip (184 KB) |
項目名 | 項目の説明 |
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Genome assembly | Genome assembly |
Cell type class | Cell type class |
Cell type | Cell type |
Number of experiments | Number of experiments |
Experimental IDs included | Experimental IDs included |
データ名 | データディレクトリ |
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データ内容の説明 | ChIP-Atlas において既報のChIP-Seq データを再解析し得られたデータをリファレンスゲノムデータごとに整理されたディレクトリ内で公開している。各Experiment ごとのデータはBigWig ファイル、Bed ファイル, BigBed ファイルを用意している。抗体と細胞種ごとに結合されたデータはBed ファイルを用意している。また、Target genes analysis およびColocalization analysis で用いたデータも公開している。詳細は https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#peak_browser_doc を参照のこと。 ※過去バージョンのデータはダウンロードできません。 |
データファイル | hg19 (12 TB)
mm9 (8.2 TB) ce10 (156 GB) dm3 (447 GB) sacCer3 (95 GB) rn6 (264 GB) |
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本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:
データベース作成者連絡先:
〒812-8582 福岡県福岡市東区馬出3-1-1
九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野
沖 真弥
E-mail: soki[at]dev[dot]med[dot]kyushu-u[dot]ac[dot]jp
更新日 | 更新内容 |
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2018/02/22 | V11 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2018/01/15 | V10 をリリース 新たに生物種「Rattus norvegicus」を追加し、以下の6つのデータを更新。 |
2017/10/20 | V9 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2017/08/30 | V8 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2017/04/19 | V7 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2017/03/07 | V6 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2016/12/09 | V5 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2016/11/01 | V4 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2016/10/18 | V3 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2016/08/01 | V2 をリリース 以下の6つのデータを更新。 |
2016/06/24 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 (V1) |
2015/12/01 | ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org/) で公開開始 |
〒812-8582 福岡県福岡市東区馬出3-1-1
九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野
沖 真弥
E-mail: soki[at]dev[dot]med[dot]kyushu-u[dot]ac[dot]jp