AT Atlas
2013/12/16HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/at_atlas/
ターゲットタンパク研究プログラムで開発された技術の図解のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「AT Atlas」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Main
| データ名 | Main |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題における各課題の概要や成果の模式図、成果に関する文献情報などをまとめた一覧です。 |
| データファイル | at_atlas.zip (11.3 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| ID | 技術開発研究題目のID (１つのprojectにつき、1-6個の技術開発研究題目があり、Project IDの後ろに番号を付加して区別。) |
| Project ID | 課題ID (ターゲットタンパク研究プログラム課題 ID) |
| Subject | 技術開発研究題目 |
| Project Theme | 研究課題のテーマ |
| Principal Investigator | 代表研究者名 |
| Affiliation | 所属機関 |
| Backgrounds | 技術開発研究題目の背景 |
| Highlights | 技術開発研究題目のハイライト |
| Outline | 技術開発研究題目の概要 |
| Application | 開発されたプロトコルを利用して行われたターゲットタンパク研究課題の課題番号 (簡易検索サイトでは、研究課題成果データベースの各課題成果へリンク) |
| Article | 関連論文 (簡易検索サイトではPubMedへリンク) (複数ある場合、データの並び順は下記「PubMed」と対応する) |
| PubMed ID | PubMed ID (複数ある場合、データの並び順は上記「Article」と対応する) |
| CSML File | 技術開発研究成果画像（CSMLファイル）のファイル名 (簡易検索サイトではダウンロードデータへのリンク) |
2.3 Protein
| データ名 | Protein |
| データ内容の説明 | 「ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題」によって開発されたプロトコルを利用して構造が解かれたタンパク質の一覧です。 |
| データファイル | at_atlas_protein.zip (1.13 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| PDB ID | PDB ID in PDBj |
| Protein Name | タンパク質の名称 |
2.4 PREIMS
| データ名 | PREIMS |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究プログラムにおける各技術開発研究課題で開発されたプロトコル情報をまとめた一覧です。 |
| データファイル | at_atlas_preims.zip (5.09 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| Protocol ID | プロトコルID (PREIMS) |
| Protocol Name | プロトコルの名称 |
| Category | プロトコルのカテゴリ |
| Author | 著者 |
2.5 Graphical abstract
| データ名 | Graphical abstract |
| データ内容の説明 | 「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果を、Cell Illustratorを使って表現した図です。図はXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出しています。技術開発研究題目１つに対して1つのCSML形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。 |
| データファイル | at_atlas_csml.zip (1.22 MB) |
CSML形式ファイルについて
- CSML(Cell System Markup Language)については、CSMLの Webサイトをご参照ください。
- CSML ファイルは、 Cell Illustrator Online Player でグラフィカルに閲覧することができます。 また Cell Illustrator Online で グラフィカルに編集・シミュレーションすることができます。 これらのソフトウェアについては、 Cell Illustrator Web サイト または、 Cell Illustrator Online Web サイト をご参照ください。
2.6 Image File
| データ名 | Image File |
| データ内容の説明 | 「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果をCell Illustratorを使って表現した図について、画像にしたものです。技術開発研究題目１つに対して1つのPNG形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。 |
| データファイル | at_atlas_png.zip (5.37 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2013/11/19
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”AT Atlas © Targeted Proteins Research Program licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2013/12/16 | 連絡先のメールアドレスを修正 |
| 2013/11/19 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2011/08 | AT Atlas (http://www.tanpaku.org/atatlas/) で公開開始 |
5. 参考文献
-
6. 連絡先
「AT Atlas」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 菅原秀明
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp