AcEST

2010/02/15

WebSite: http://togodb.dbcls.jp/acest/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/acest

首都大学東京で決定したホウライシダのESTシーケンスと、それらのシーケンスとUniProtKB/Swiss-Prot、TrEMBLデータベースとの間で行ったblastx検索の結果をデータベース化したものである。 これまで、様々な植物ゲノム解析が進められているが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していない。 そこで光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行った。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. AcEST（Adiantum capillus-veneris EST)のDNA配列とそのアノテーション
  3. BlastX Result : Swiss-Prot
  4. BlastX Result : TrEMBL
  5. AcEST Contig
  6. About Libraries
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「AcEST」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 AcEST（Adiantum capillus-veneris EST)のDNA配列とそのアノテーション

データ名 AcEST
データ内容の説明 ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列とそのアノテーション（Clone ID、ライブラリ名、Blastx検索結果等）。CSV 形式テキストファイル。
データファイル acest_est.zip (110MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Clone id ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列のクローンID
Library ライブラリ名
Length 塩基数
Definition 定義
Accession DDBJ アクセッション番号
Tissue type 配列の得られた組織の名称
Developmental stage 発生段階
Sequence(60) 塩基配列(60文字で改行したもの）
sequence 塩基配列（改行なし）
■■Homology search results ■■ 　
Swiss-Prot (release 56.9) Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索の結果
UniProt ID of top hit in Swiss-Prot Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のUniProt ID
Definition Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align length Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長
Score (bit) Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit)
E-value Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value
Report UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9) データベースとのblastx検索結果
TrEMBL (release 39.9) TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索の結果
UniProt ID of top hit in TrEMBL TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のUniProt ID
Definition TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align length TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長
Score (bit) TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit)
E-value TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value
Report UniProtKB/TrEMBL (release 39.9) データベースとのblastx検索結果

2.3 BlastX Result : Swiss-Prot

データ名 BlastX Result : Swiss-Prot
データ内容の説明 ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）配列と、UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9) データベースとの間でblastx検索を実行した結果。 Blastxヒットリストのうち、各ヒットのアラインメント情報を一つの行に記載。CSV 形式テキストファイル。
データファイル blasthits_sp.zip (7.77MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Query blastX検索を行ったホウライシダEST配列のクローンID
BlastX Hits UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとの間でblastx検索を行い、ヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align Length 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメント長
Bit score 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのScore (bit)
E-value 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのE-value
Report UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとのblastx検索結果
UniProt ID 上記ヒットした配列のUniProt ID

2.4 BlastX Result : TrEMBL

データ名 BlastX Result : TrEMBL
データ内容の説明 ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）配列と、UniProtKB/TrEMBL(release 39.9) データベースとの間でblastx検索を実行した結果。Blastxヒットリストのうち、各ヒットのアラインメント情報を一つの行に記載。 CSV 形式テキストファイル。
データファイル blasthits_tr.zip (7.03MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Query blastX検索を行ったホウライシダEST配列のクローンID
BlastX Hits UniProtKB/TrEMBL (release 39.9) データベースとの間でblastx検索を行い、ヒットした配列のAccessionとDefinition。 TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align Length 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメント長
Bit score 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのScore (bit)
E-value 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのE-value
Report UniProtKB/TrEMBL(release 39.9)データベースとのblastx検索結果
UniProt ID 上記ヒットした配列のUniProt ID

2.5  AcEST Contig

データ名 AcEST Contig
データ内容の説明 ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）から構成されるコンティグ配列の情報。CSV 形式テキストファイル。
データファイル acestcontig.zip (1.34MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Contig ID ホウライシダのコンティグ配列のID
Length ホウライシダのコンティグ配列の長さ
Number of clones ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンの数
Definition 定義
Link to clone list TogoDB版では、ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンリストへのリンク。ダウンロードファイルでは空白となる。
Clone ID ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンIDとAcESTのクローン情報へのリンク。
Sequence 塩基配列

2.6 About Libraries

データ名 About Libraries
データ内容の説明 ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）のcDNAライブラリーに関する情報。CSV 形式テキストファイル。
データファイル acest_lib.zip (2KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Name ホウライシダ ESTライブラリ名
About ホウライシダ ESTライブラリ作成情報
References ホウライシダ ESTライブラリ作成に関する参考文献
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3. 本データベースの利用許諾

標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本　の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”AcEST, Copyright© 2009 鐘ヶ江 健 首都大学東京　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 本データベースを改変したデータベースを配布する場合は、そのデータベースの名称に本データベースの名称及びその一部を使用することはできません。

4. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒192-0397
東京都八王子市南大沢1-1
首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室
Tel: 042-677-1111(ext.3654)
E-mail: tkanegae[at]tmu[dot]ac[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/02/15 利用許諾のクレジットの記載方法を変更
2009/12/3 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/6/12 AcEST(http://togodb.dbcls.jp/acest/)で公開開始
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5. 参考文献

Yamauchi, D., Sutoh, K., Kanegae, H., Horiguchi, T., Matsuoka, K., Fukuda, H., Wada, M.
Analysis of expressed sequence tags in prothallia of Adiantum capillus-veneris.
J. Plant Res. 118 (3): 223-227.
PMID: 15940394

6.連絡先

「AcEST」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒192-0397
東京都八王子市南大沢1-1
首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室
Tel: 042-677-1111(ext.3654)
E-mail: tkanegae[at]tmu[dot]ac[dot]jp

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