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生命科学系データベースアーカイブ

「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

今回の更新では、「日化辞の本体のRDFデータ」 について、データの重複を削除しました。
また、「日化辞のSMILESのRDFデータ」 について、データを追加しました。

「RGP physicalmap」(農業生物資源研究所)を追加しました

「RGP physicalmap」はRGPのDNAマーカーで選抜されたイネYACクローンの物理マッピングです。

「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)を追加しました

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

「RGP caps」(農業生物資源研究所)を追加しました

「RGP caps」はイネの多型検出のために開発されたDNAマーカー(STSマーカーおよびCAPSマーカー)のデータベースです。

「RGP estmap2001」(農業生物資源研究所)を追加しました

「RGP estmap2001」はYACベースのイネ転写産物地図作成に使用されたEST部位情報のデータベースです。

「GlycoProtDB」(産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター)のデータを更新しました

「GlycoProtDB」は質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベースです。

今回はこれまでの線虫に関するデータの更新に加え、マウスおよびヒトのデータを追加しました。

「PCDq」 (産業技術総合研究所 今西規教授)を追加しました

「PCDq」は予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。

「RGP gmap2000」(農業生物資源研究所)を追加しました

「RGP gmap2000」はイネの高密度連鎖地図(2000年版)作成に使用されたRFLPマーカーのデータベースです。

「TMBETA-GENOME」 (インド工科大学マドラス校 マイケルグロミハ准教授)を追加しました

「TMBETA-GENOME」はゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。

「DNA ProbeLocator」 (東邦大学 日紫喜光良教授)を追加しました

「DNA ProbeLocator」は多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングしたデータベースです。